Rui Malheiro concluiu o Mestrado Integrado em Medicina pela Faculdade de Medicina da Universidade do Porto em 2013, com a tese “Methodological quality of guidelines in gastroenterology”, publicada no ano seguinte. Após uma curta passagem pelo Serviço de Doenças Infeciosas do Hospital Egas Moniz é, desde 2017, Médico Interno de Saúde Pública na Unidade de Saúde Pública do ACES Grande Porto VI – Porto Oriental.
Em 2019, no âmbito do Internasto e do Curso de Especialização em Saúde Pública no ISPUP, realizou uma investigação na área da epidemiologia hospitalar e do controlo de infeção, no Centro de Epidemiologia Hospitalar do Centro Hospitalar Universitário São João.
Atualmente frequenta o Programa Doutoral em Saúde Pública do ISPUP, com uma bolsa individual de doutoramento da Fundação de Ciência e Tecnologia. integra o laboratório associado ITR intitulado “Fatores individuais e do sistema para a obtenção de cuidados de saúde de elevado valor” e pertence à Comissão Científica Internas do ISPUP.
Os seus interesses incluem a vigilância epidemiológica e a investigação em serviços de saúde, mormente no campo da prevenção e controlo de infeção.